В 1994 году было образовано управление ветеринарии, которое структурно объединяло все ветеринарные учреждения области. Его возглавил Николай Макиевский, заслуженный ветеринарный врач Российской Федерации.
В январе 2004-го управление получило статус комитета ветеринарии. Был создан областной эпизоотический отряд, на базе которого образована Новгородская областная ветеринарная станция для организации работы по ликвидации очагов особо опасных и проведения ветеринарно-санитарных работ, что позволило сохранить эпизоотическое благополучие области в период сложной обстановки в других регионах РФ.
2007-2017 годы ветслужбу возглавлял Андрей Козин, заслуженный ветеринарный врач России. В эти годы активно велась работа по оздоровлению поголовья крупного рогатого скота от лейкоза. Организована сеть лабораторий ветсанэкспертизы на всех продовольственных рынках и в организациях, перерабатывающих продукцию животноводства, что позволило обеспечить выпуск доброкачественной в ветеринарно-санитарном отношении продукции животноводства. Создан отдел государственного ветнадзора с целью соблюдения ветеринарного законодательства.
С января 2018 года и по настоящее время председателем регионального комитета ветеринарии работает Людмила Сукачёва.
Проведены мероприятия по подтверждению и расширению области аккредитации на инфекционные и инвазионные болезни четырёх ветеринарных лабораторий. В настоящее время ветлаборатории на 100% могут обеспечить потребность сельскохозяйственных и перерабатывающих предприятий в проведении необходимых лабораторных исследований на территории области. Раньше для этого приходилось обращаться в лаборатории соседних регионов.
Улучшены условия работы сотрудников подведомственных учреждений, выполнены текущие и капитальные ремонты многих районных ветстанций. При поддержке правительства области приобретены для выездной работы специалистов 29 автомобилей, а также оборудование, необходимое для круглосуточного обеспечения работы карантинных постов в эпизоотических очагах, мобильная установка для уничтожения биологических отходов, образующихся в учреждениях ветеринарии, а также при ликвидации очагов заразных болезней на территории области.
Результаты работы государственной ветеринарной службы Новгородской области ежегодно отмечаются на Российской агропромышленной выставке «Золотая осень». В разные годы ветслужба нашей области была в числе победителей в профессиональных конкурсах и получила 11 золотых, 10 серебряных и 3 бронзовые медали.